Faktor-faktor yang mempengaruhi keragaman flora di Indonesia antara lain sebagai berikut.
1. Keadaan iklim, ini sangat dipengaruhi sinar matahari, kelembapan udara, angina, curah hujan. Daerah yang memiliki curah hujan dan kelembapan udara yang tinggi maka jenis floranya sangat beragam, misalnya hutan di pedalaman Kalimantan.
2. Keadaan tanah, karena Indonesia banyak gunung yang aktif maka tanahnya bersifat vulkanis. Oleh sebab itu, berbagai jenis flora dapat tumbuh dengan baik.
3. Keadaan air, berdasar kebutuhan air maka flora di Indonesia dibedakan menjadi xerofita (di daerah yang kering), nesofita (di daerah yang sedang), hidrofita (di daerah yang basah), tropofita (di daerah perubahan musim penghujan dan kemarau).
4. Relief tanah, atau yang berhubungan dengan ketinggian tempat. Menurut F.R. Junghunn, jenis flora menurut ketinggian tempatnya di Indonesia, yaitu sebagai berikut.
- Ketinggian 0 -650 m, jenis floranya berupa padi jagung, karet, tebu.
- Ketinggian 650 – 1500 m, jenis floranya berupa tembakau, kopi, cengkeh, cokelat, dan buah-buahan.
- Ketinggian 1500 – 2500 m, jenis floranya berupa sayur-sayuran, the, kina, dan pinus.
- Ketinggian di atas 2500 m, jenis floranya berupa lumut dan sejenisnya.
Flora Indonesia dalam flora dunia secara keseluruhan termasuk formasi Indo Malaya yang tersebar di Indonesia, Kepulauan Filipina, Sailan, India, daratan Asia Tenggara, Afrika Tengah, dan Amerika Selatan, yaitu Dataran Amazone.
Flora Indonesia mempunyai kesamaan dengan flora Asia, Australia, dan ada juga flora asli Indonesia. Berdasarkan tipe persebaran flora Indonesia dapat dibedakan menjadi tiga bagian, yaitu Indonesia bagian barat, tengah, dan timur.